Υπάρχουν πολλές εκδοχές για την προέλευση της λέξης Χημεία. Οι πιο γνωστές είναι oι παρακάτω:

H αρχαιότερη όπως την αναφέρει ο Αλέξανδρος ο Αφροδισεύς, (2ος αιώνας μ.Χ.) θεωρείται η λέξη «Χυμεία» Προέρχεται από το ρήμα «χέω» (χύνω). Με αυτή την ορθογραφία επικρατούσε η λέξη κατά τους Ελληνιστικούς Χρόνους. Ο όρος αυτός αποδίδει τις δραστηριότητες των μεταλλουργών, θεμελιωτών της Αλχημείας. Έτσι οι χημικοί της εποχής της ακμής της Αλεξάνδρειας ονομάζονται "χυμευταί". Τα όργανα της δουλειάς τους λέγονται "χυϊκά" και ασχολούνται κυρίως με "χυτεύσεις" μετάλλων.

Η λέξη «χημία» βρέθηκε στο έργο «χημεύ» του Έλληνα Ερμητικού χημικού και φιλοσόφου Ζώσιμου του Πανοπολίτη (4ος αιώνας μ.Χ.). Προστάτης των φιλοσόφων και των «χημικών» της εποχής εκείνης ήταν ο θεός Ερμής ο Τρισμέγιστος. Οι οπαδοί του Ερμή πίστευαν ότι το Σύμπαν γεννήθηκε από μια πρωταρχική ουσία και έλεγαν «Αρχή Μία», από την οποία προέκυψε η συνθηματική λέξη «χημία». Τον όρο «χημία» τον συναντάμε και στον Πλούταρχο (46-120 μ.Χ.).

Η λέξη «χημεία» που επικράτησε τελικά, λέγεται ότι προέρχεται από την αιγυπτιακή λέξη Khem (Μαύρη Γη). Το Khem είναι η μαύρη λάσπη που κατεβάζουν τα νερά του Νείλου και κάνουν εύφορη τη γη στις όχθες του. Από αυτό η Αίγυπτος, το λίκνο της Αλχημείας, αρχικά ονομαζόταν Khem. Η χημεία, που ξεκίνησε στην Αίγυπτο και στα πρώτα βήματά της ήταν η προσπάθεια μετατροπής των μετάλλων σε χρυσό, ήταν η Kimiya (μαύρη τέχνη). Μετά την κατάληψη της Αιγύπτου από τους 'Αραβες (7ος αιώνας μ.Χ.) προστέθηκε και το αραβικό άρθρο al, οπότε ο όρος διαμορφώθηκε σε al Kimiya (αλ-χιμια). Όπως και να έχει, η πρόσθεση του αραβικού άρθρου al δημιούργησε τη λέξη αλχημεία και θυμίζει τη συμβολή των Αράβων. Το άρθρο παραλείφθηκε και πάλι, όταν η επιστήμη της Χημείας κατέληξε όπως είναι σήμερα.

Μια τέταρτη ετυμολογική ερμηνεία έχει προτείνει ο Mahdihassn. Θεωρεί ότι ο όρος χημεία προέρχεται από την κινέζικη λέξη chin-i, που σημαίνει χυμός που φτιάχνει χρυσό και η οποία στη διάλεκτο Fukien της Νότιας Κίνας προφέρεται Kim ya. Επισημαίνει ότι η αραβική επαφή με την Κίνα έγινε στην περιοχή Fukien και ισχυρίζεται ότι ο όρος έφτασε στη Δύση μέσω Αράβων εμπόρων.