Στο στομάχι των ζώων υπάρχουν αδένες που εκκρίνουν υδρoχλωρικό οξύ. Το οξύ αυτό συμβάλλει στην καταστροφή των βακτηριδίων των τροφών και στην παραγωγή του ενζύμου πεψίνη, το οποίο διασπά τις τροφές σε πιο απλά συστατικά. Oι δράσεις αυτές είναι βασικό μέρος της διαδικασίας της πέψης. 

Η συγκέντρωση του οξέος στο στομάχι είναι αρκετά μεγάλη. Έτσι, πολλές φορές, ιδιαίτερα αν έχουμε φάει πολύ και βαριά, εκκρίνονται μεγάλες ποσότητες υδροχλωρικού οξέος. Μικρές ποσότητες ανεβαίνουν στον οισοφάγο και αισθανόμαστε τις γνωστές ξινίλες (καούρες).