Κατά τη διάρκεια του πολέμου, η συμπεριφορά της Ελένης δεν ήταν πολύ συνεπής. Άλλοτε ήταν εναντίον των Ελλήνων και άλλοτε τους βοήθησε. Για παράδειγμα, όταν ο Δούρειος Ίππος μπήκε στην πόλη, η Ελένη υποψιάστηκε τι ήταν μέσα. Πήγε λοιπόν κοντά και μιμήθηκε τις φωνές των συζύγων των ελληνικών πολεμιστών, οι οποίοι έπρεπε να καταβάλουν τεράστια προσπάθεια για να κρατηθούν σιωπηλοί. Όταν, όμως, ο Οδυσσέας μπήκε στην Τροία, μεταμφιεσμένος σε ζητιάνο, τον αναγνώρισε, αλλά δεν είπε τίποτα, και τον βοήθησε αργότερα να κλέψει το άγαλμα της Αθηνάς από το Παλλάδιο. Επίσης, κατά τη διάρκεια της νύχτας, που έπεσε η Τροία, έκανε σήμα με φως από το δωμάτιό της, για το δουν οι Έλληνες από τα πλοία. Στο δέκατο έτος του πολέμου, ο Πάρης σκοτώθηκε, και ο Πρίαμος αποφάσισε να δώσει την Ελένη ως βραβείο στο γενναιότερο. Ο Διήφοβος κέρδισε την Ελένη και την παντρεύτηκε. Τη νύχτα που η Τροία κατακτήθηκε, η Ελένη έκρυψε μακριά από το σπίτι του Διήφοβου όλα τα όπλα, ώστε να μην μπορεί αυτός και οι υπηρέτες του να αποκρούσουν τους Έλληνες. Όταν ο Μενέλαος έφθασε στο σπίτι της Ελένης, σκότωσε τον Διήφοβο και θέλησε να σκοτώσει και την Ελένη. Όμως, όταν εκείνη του έδειξε το γυμνό της ώμο, ο βασιλιάς της Σπάρτης την συγχώρησε και πέταξε το ξίφος του. Όταν οι Έλληνες είδαν την Ελένη να επιστρέφει, θέλησαν να την λιθοβολήσουν, αλλά η ομορφιά της τους πτόησε. Το ταξίδι της επιστροφής προς την Σπάρτη για τον Μενέλαο και την Ελένη δεν ήταν εύκολο. Έπρεπε να περιπλανηθούν για οκτώ χρόνια πριν φτάσουν στο σπίτι τους. Ο Ευριπίδης λέει ότι όταν ο Μενέλαος και η Ελένη έφθασαν στο Άργος ο Ορέστης θέλησε να την σκοτώσει, δεδομένου ότι την θεωρούσε υπεύθυνη για όλα όσα είχαν συμβεί στην οικογένειά του. Τότε ο Δίας έστειλε τον Απόλλωνα για να απαγάγει την Ελένη. Έτσι, η Ελένη σώθηκε και στη συνέχεια ο Δίας την έκανε αθάνατη. Σύμφωνα με άλλες παραδόσεις, η Ελένη επέστρεψε στη Σπάρτη με το σύζυγό της και έγινε πρότυπο συζύγου. Όταν ο Μενέλαος πέθανε, τα παιδιά του την έδιωξαν από την Σπάρτη, ως τιμωρία για όλη τη θλίψη που είχε προκαλέσει. Η Ελένη βρήκε καταφύγιο στη Ρόδο, όπου και πέθανε κυνηγημένη από τις Ερινύες.