Γεννήθηκε στην Έφεσο και ήταν γόνος επιφανούς αριστοκρατικής οικογένειας. Την εποχή που έζησε ήταν έντονες οι κοινωνικές και πολιτικές ζυμώσεις στην Έφεσο. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα πολλές και συχνές μεταβολές, που έφερναν κατά καιρούς στην εξουσία τυράννους, οι οποίοι συνήθως δεν είχαν φιλικές σχέσεις με τους αριστοκράτες. Ο Ηράκλειτος αναμίχθηκε στην πολιτική ζωή, προσπάθησε μάλιστα να βοηθήσει ένα φίλο του, τον Ερμόδωρο, να κατακτήσει την εξουσία στην Έφεσο. Εναντίον του όμως στράφηκαν οι δημοκρατικοί και καταφέρανε να τον εξορίσουν. Ο Ηράκλειτος έμεινε σε όλη του τη ζωή αριστοκράτης που δε συμπαθούσε το πλήθος και εκφραζόταν υποτιμητικά γι’ αυτό .
Για τον Ηράκλειτο ο κόσμος είναι μια έννοια δυναμική, όπου τα πάντα μεταβάλλονται, τίποτα δεν παραμένει το ίδιο· ενώ οι άλλοι άνθρωποι βλέπουν τον κόσμο ως ένα σύνολο από σταθερά πράγματα, ο Ηράκλειτος βλέπει τον κόσμο ως ένα σύνολο από γεγονότα. Ο κόσμος είναι σαν ένα ποτάμι που ρέει διαρκώς· δεν μπορεί κανένας να μπει στο ίδιο ποτάμι δυο φορές, αφού κάθε φορά το ποτάμι έχει αλλάξει.
Τα πάντα λοιπόν μεταβάλλονται και αυτά που θεωρούμε αντίθετα, συνυπάρχουν, ή προκύπτουν το ένα από το άλλο. Αυτό συμβαίνει, γιατί η βασική αρχή που διέπει τον κόσμο είναι ο πόλεμος. Αυτό όμως δε σημαίνει ότι στον κόσμο επικρατεί το χάος· τα αντίθετα αποτελούν μια ενότητα, όπως η νύχτα διαδέχεται τη μέρα, το θερμό διαδέχεται το κρύο, το καλοκαίρι το χειμώνα κ.ο.κ. ενώ συχνά ένα πράγμα που θεωρείται από τον ένα άνθρωπο καλό, θεωρείται κακό από κάποιον άλλο. Μέσα από την αντίθεση αυτή αναφαίνεται μια κρυφή αρμονία, που είναι ανώτερη από την αρμονία που βλέπουμε με τα αισθητήρια όργανα.
Την αρμονία αυτή, δηλαδή την ενότητα των αντιθέσεων, την εξασφαλίζει ο Λόγος, ένας κοσμικός νόμος που διέπει τα πάντα· όμως οι άνθρωποι που δεν είναι σοφοί αδυνατούν να διακρίνουν το Λόγο, ο οποίος ταυτίζεται με την αλήθεια.
Ο κόσμος σύμφωνα με τον Ηράκλειτο δεν έχει αρχή ούτε και τέλος, υπήρχε και θα υπάρχει πάντα και βασικό του στοιχείο είναι το πυρ, η φωτιά. Το πυρ μεταβάλλεται σε θάλασσα, που με τη σειρά της μεταβάλλεται σε γη· από τη γη προκύπτει πάλι το πυρ κ.ο.κ. σε μία αέναη μεταβολή.
Η ψυχή του ανθρώπου συνδέεται με το πυρ· θάνατος για την ψυχή είναι η μετατροπή της σε νερό· οι ψυχές των σοφών ανδρών παραμένουν πύρινες και εξασφαλίζουν την αιώνια ζωή, οι ψυχές όμως των υπολοίπων με το θάνατο μετατρέπονται σε νερό.
Μολονότι ο Ηράκλειτος ήταν οπαδός των αριστοκρατικών ιδεωδών, εντούτοις διατύπωσε ιδέες που απηχούν το νέο πνεύμα της δημοκρατικής πόλης - κράτους:όπως στη φύση τα πάντα ρυθμίζονται από το Λόγο, έτσι και στην πολιτεία είναι ο Νόμος που εξασφαλίζει την τάξη και τη συνοχή των πολιτών· γι’ αυτό το λόγο «ο λαός πρέπει να υπερασπίζεται το νόμο όπως τα τείχη της πόλης».
O Ηράκλειτος, όπως και ο Ξενοφάνης αλλά και άλλοι προσωκρατικοί, άσκησε κριτική στην παραδοσιακή θρησκεία και τους εξωτερικούς τύπους της λατρείας. Τέλος διατύπωσε την άποψη πως υπεύθυνος για τη μοίρα του είναι ο κάθε άνθρωπος ατομικά, η ιδιαίτερη φύση του και ο χαρακτήρας του, και όχι κάποια εξωτερική θεϊκή δύναμη.

Ο ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΩΣ ΑΣΤΡΟΝΟΜΟΣ
Τα ουράνια σώματα σύμφωνα με τον Ηράκλειτο ήταν σαν σκάφες με το κοίλο μέρος στραμμένο προς τη γη· μέσα στις σκάφες υπάρχει φωτιά (έτσι φαίνονται σαν άστρα) που τρέφεται από τις αναθυμιάσεις της θάλασσας.

Η ΣΗΜΑΣΙΑ ΤΗΣ ΣΚΕΨΗΣ ΤΟΥ ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΥ
Η σκέψη του Ηρακλείτου είναι εντελώς καινούργια: βλέπει τον κόσμο ως μία ενότητα που κυριαρχείται από τη μεταβολή και την ενότητα των αντιθέτων· η συνεχής μεταβολή δεν οδηγεί στο χάος αλλά στην αρμονία, αφού κυριαρχεί ο Λόγος.

ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΚΑΙ ΣΥΓΧΡΟΝΗ ΦΥΣΙΚΗ
[...] κατά ένα ορισμένο τρόπο η σύγχρονη φυσική πλησιάζει πάρα πολύ στη διδασκαλία του Ηρακλείτου. Αν αντικαταστήσει κανείς τη λέξη «φωτιά» με τη λέξη «ενέργεια», τότε μπορεί κανείς να θεωρήσει τις θέσεις του Ηρακλείτου σχεδόν λέξη προς λέξη σαν έκφραση της σύγχρονης αντίληψής μας. Η ενέργεια είναι πραγματικά το υλικό, απ’ το οποίο είναι καμωμένα όλα τα στοιχειώδη σωματίδια, όλα τ’ άτομα και γι’ αυτό γενικά όλα τα πράγματα, και ταυτόχρονα η ενέργεια είναι επίσης και το κινούν[δηλαδή η αιτία της κίνησης]. (Werner Heisenberg)